MTs Nurul Islam mempunyai program sesuai dengan visi dan misi yakni "Unggul dalam Ilmu Nyata dalam Kualitas", diantara program tersebut antara lain :
- Tadarrus masing-masing kelas sebelum kegiatan pembelajaran
- Pembacaan Aqidatun Nafiah setiap hari
- Shalat Dzuhur berjama'ah di sekolah
- Pembacaan Aqidatul Awam setiap selesai shalat dzhuhur berjamaah
- Muhadoroh
- Rawi-Hadroh setiap malam Sabtu (khusus laki-laki)
- Pendalaman Materi Mata Pelajaran IPA, IPS, MTK, Inggris